La primera referencia que describe ampliamente el procedimiento de la Ingeniería de Sistemas fue publicada en 1950 por Melvin J. Kelly, entonces director de los laboratorios de la Bell Telephone, subsidiaria de investigación y desarrollo de la AT&T. Esta compañía jugó un papel importante en el nacimiento de la Ingeniería de Sistemas por tres razones: la acuciante complejidad que planteaba el desarrollo de redes telefónicas, su tradición de investigación relativamente liberal y su salud financiera. Así, en 1943 se fusionaban los departamentos de Ingeniería de Conmutación e Ingeniería de Transmisión bajo la denominación de Ingeniería de Sistemas. A juicio de Arthur D. Hall, "la función de Ingeniería de Sistemas se había practicado durante muchos años, pero su reconocimiento como entidad organizativa generó mayor interés y recursos en la organización". En 1950 se creaba un primer curso de postgrado sobre el tema en el M.I.T. y sería el propio Hall el primer autor de un tratado completo sobre el tema.
Y fue así como esta área comenzó a desarrollarse en la segunda parte del siglo XX con el rápido avance de la ciencia de sistemas. Las empresas empezaron a tener una creciente aceptación de que la ingeniería de sistemas podía ayudar en el comportamiento impredecible de componentes y la aparición de características imprevistas de los sistemas (propiedades emergentes).
Las decisiones tomadas al principio de la creación de un sistema, podrían afectar enormemente la vida de esta misma debido a no tomar previsiones de las consecuencias que podrían derivarse. Por estas razones se llevo mucho mas a cabo la apertura de la carrera universitaria Ingeniería de Sistemas, teniendo egresados de esta con la capacidad de explorar estas cuestiones y tomar decisiones críticas, siempre tomando en cuenta de que no hay métodos que garanticen que las decisiones tomadas hoy serán válidas cuando el sistema entre en servicio años o décadas después de ser concebido, pero hay metodologías que ayudan al proceso de toma de decisiones y hacen que los sistemas sean mas rentables y duraderos.
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